Полномочная Комиссия ВЦИК рекомендовала следующий метод зачистки охваченных восстанием населённых пунктов, издав 23 июня 1921 года приказ № 116 за подписью её председателя Антонова-Овсеенко и командующего войсками Тухачевского:

ПРИКАЗ

Полномочной Комиссии ВЦИК № 116

 г.Тамбов

 23 июня 1921 г.

 Опыт первого боевого участка показывает большую пригодность для быстрого очищения от бандитизма известных районов

по следующему способу чистки. Намечаются особенно бандитски настроенные волости и туда выезжают

представители уездной политической комиссии, особого отделения, отделения военного трибунала и командования

вместе с частями, предназначенными для проведения чистки. По прибытии на место волость оцепляется,

берутся 60-100 наиболее видных лиц в качестве заложников и вводится осадное положение.

Выезд и въезд в волость должны быть на время операции запрещены. После этого собирается полный волостной сход,

на коем прочитываются приказы Полномочной Комиссии ВЦИК №№ 130 и 171 и написанный приговор для этой волости.

Жителям дается 2 часа на выдачу бандитов и оружия, а также бандитских семей, и население ставится в известность,

что в случае отказа дать упомянутые сведения заложники будут расстреляны через два часа.

Если население бандитов и оружия не указало по истечении двухчасового срока, сход собирается вторично

и взятые заложники на глазах у населения расстреливаются, после чего берутся новые заложники

и собравшимся на сход вторично предлагается выдать бандитов и оружие. Желающие исполнить это

становятся отдельно, разбиваются на сотни и каждая сотня пропускается для опроса через опросную комиссию

(представителей Особого отдела и Военного трибунала). Каждый должен дать показания, не отговариваясь незнанием.

В случае упорства проводятся новые расстрелы и т.д. По разработке материала, добытого из опросов,

создаются экспедиционные отряды с обязательным участием в них лиц, давших сведения,

и других местных жителей и отправляются на ловлю бандитов. По окончании чистки осадное положение снимается,

водворяется ревком и насаждается милиция.

 Настоящее Полномочная Комиссия ВЦИК приказывает принять к неуклонному исполнению.

 Председатель Полномочной Комиссии Антонов-Овсеенко

 Командующий войсками Тухачевский

 Российский государственный военный архив Ф.235. Оп.2. Д.16. Л.25

Репрессии

В основу своих операций Тухачевский положил создание на Тамбовщине жёсткого оккупационного режима и террор против населения губернии, со взятие заложников, уничтожением сёл и деревень, созданием концлагерей и массовых расстрелов. Артиллерийским огнём были полностью уничтожены сёла Коптево, Хитрово, Верхнеспасское Тамбовского уезда. Особенно ожесточала повстанцев система заложничества; в ответ на неё они сами брали в заложники и расстреливали красноармейцев, коммунистов, советских служащих и членов их семей.

В наскоро оборудованных губернским управлением принудительных работ концентрационных лагерях для заложников наряду со взрослыми в большом количестве содержались и дети. 27 июня 1921 года на заседании полномочной комиссии ВЦИК был отмечен «большой наплыв в концентрационно-полевые лагеря малолетних, начиная от грудных детей», предлагали детей-заложников до 15 лет содержать отдельно от взрослых, и чтобы с трёхлетними детьми имели право находится их матери. Даже после проведения кампании по разгрузке концлагерей в июле 1921 года (восстание к тому времени было практически подавлено, и заложники с маленькими детьми были распущены по домам) там всё ещё находилось свыше 450 детей-заложников в возрасте от 1 до 10 лет. Общее число крестьян Тамбовской губернии, подвергшихся репрессиям, Юлия Кантор оценивает в 30—50 тысяч человек.

Тухачевский отмечал:

Без расстрелов ничего не получается. Расстрелы в одном селении на другое не действуют, пока в них не будет проведена такая же мера.

Когда угроза расстрелов не действовала, как в деревне 2-я Кареевка, состоявшей из 65-70 дворов, жителей деревни выселяли, их имущество конфисковали, а саму деревню сжигали.

На повстанцев, помимо жестоких репрессий, обрушили всю мощь регулярной Красной армии: артиллерию, авиацию, бронетехнику и даже химическое оружие (хлор марки Е56). По поводу применения химического оружия сохранились документальные свидетельства. В частности, в дневнике боевых действий артдивизиона бригады Заволжского военного округа записано, что 13 июля 1921 года в бою было израсходовано: гранат трёхдюймовых — 160, шрапнелей — 69, гранат химических — 47. 3 августа командир батареи Белгородских артиллерийских курсов доносил начальнику артиллерии 6-го боевого участка, что при обстреле острова на озере Кипец выпущено 65 шрапнелей, 49 гранат и 59 химических снарядов. Применявшиеся большевиками в мае — июне 1921 года химические снаряды приводили к гибели не только повстанцев, но и гражданского населения.

Летом 1921 года основные силы повстанцев потерпели поражение. В начале июля руководством восстания был издан приказ, согласно которому боевым отрядам предлагалось разделиться на группы, скрыться в лесах и перейти к партизанским действиям или разойтись по домам. Восстание распалось на ряд мелких изолированных очагов, и повстанцы вернулись к партизанской тактике, которую они использовали до августа 1920 года. Боевые действия на Тамбовщине продолжались до лета 1922 года и постепенно сошли на нет. 16 июля 1922 года М. Н. Тухачевский доложил ЦК РКП(б): «мятеж ликвидирован, Советская власть восстановлена повсеместно».

Связи восставших с Вооружёнными силами на Юге России

Основная статья: Конный рейд Мамонтова.

Белые правительства и организации уделяли недостаточно внимания организации повстанческого движения в тылу РККА. Тем примечательнее попытка командования ВСЮР войти в контакт с "зелеными" повстанцами Тамбовщины летом 1919 года с целью привлечения их на свою сторону.

В августе 1919 года сотрудник особой части Отдела пропаганды есаул А. П. Падалкин получил задание от штаба 4-го Донского корпуса К.К. Мамонтова и полковника К. В. Хартулари (представитель контрразведывательного отдела штаба ВСЮР) установить контакт с «зелёноармейцами» для их перехода в ряды Белой армии. Особенно важной считалась та часть задания, где есаулу предписывалось установить контакт с бывшим начальником милиции Кирсановского уезда А. С. Антоновым: «Установить сведения о местонахождении зелёных вообще и, в частности, Антонова… Связавшись с ним, договориться о возможном присоединении их к корпусу Мамантова…». Падалкину удалось удачно перейти линию фронта по подложным документам сотрудника милиции. Вскоре, однако, он был арестован как «перебезчик» и отправлен в Красную армию — в Пензенский запасной полк. Из полка Падалкин попытался бежать, был пойман, арестован и отправлен в Бутырскую тюрьму в Москве, из которой, впрочем, был скоро вновь зачислен в Красную армию. Падалкин, убив политрука, вновь бежал вместе с присоединившимися с нему красноармейцами полка. Проведя в советском тылу около 4-х месяцев, он глубокой осенью вновь перешёл фронт и вернулся в Ростов. Установить связь с повстанцами ему так и не удалось. Но, располагая этими архивными сведениями о такой попытке белого командования, современный историк В. Ж. Цветков делает вывод, что можно утверждать о соучастии белого командования в организации Тамбовского восстания. Сам Мамантов, вернувшись из своего рейда, отметил хорошие перспективы присоединения сил повстанцев к белым силам в своём выступлении на Донском Круге в сентябре 1919 г. И хотя отдельных повстанческих подразделений в составе своего корпуса Мамантову создать не удалось, им было роздано повстанцам огромное количество оружия с захваченных складов Южного фронта.